Eğitimin Adı: BİTKİ PATOLOJİSİNDE BİYOİNFORMATİK ANALİZLER

AMAÇ

Niğde Ömer Halisdemir Üniversitesi, Bitkisel Üretim ve Teknolojileri Bölümü öncülüğünde düzenlenen bu kurs biyoinformatik uygulamalarına giriş yaparak bitki patolojisi alanında yeni nesil dizileme teknolojilerine ve veri analizlerine odaklanmaktadır. Kursun amacı bitki patolojisinde Mikrobiyal Genetik, DNA Dizileme Teknolojileri ve Çalışma Prensipleri, Genom Veri Bankaları, Bitki Patolojisinde Filogenetik, Biyoinformatik ve DNA Analizleri gibi konuları ele alınıp, hem teorik hem de pratik uygulamalarla katılımcılara bu konularda yorum yapabilmek için gereken analitik yaklaşımları yakalama fırsatı sağlayıp, bu konuda çalışan araştırıcıların sorunlarına çözüm bulmaktır. Ayrıca CRISPR-Cas9 ve NGS teknolojileri ile Geneious Prime biyoinformatik analiz programı da detaylı olarak incelenecektir. Özellikle Bitki patolojisi alanındaki önemli bir eksiklik olan biyoinformatik analizlerin uygulamalı olarak anlatılması hedeflenmiştir.

EĞİTİMCİLER

Prof. Dr. Çiğdem ULUBAŞ SERÇE: Niğde Ömer Halisdemir Üniversitesi, Bitkisel Üretim ve Teknolojileri Bölümü, Uzmanlık alanı: Fitopatoloji 

Doç. Dr. Behcet İNAL: Siirt Üniversitesi, Uzmanlık alanı: Bitkisel Biyoteknoloji 

Doç. Dr. Eminur ELÇİ: Niğde Ömer Halisdemir Üniversitesi, Bitkisel Üretim ve Teknolojileri Bölümü, Uzmanlık alanı: Fitopatoloji 

Dr. Öğr. Üyesi Serkan ÖNDER: Eskişehir Osmangazi Üniversitesi, Uzmanlık alanı: Fitopatoloji 

Dr. Ayşe YILDIZ: Türkiye Milli Botanik Bahçesi Müdürlüğü, Uzmanlık alanı: Bitkisel Biyoteknoloji 

KATILIMCILAR

Bu kurs, Ziraat Fakültesi ve eşdeğer fakülte mezunları başta olmak üzere Biyomühendislik, Moleküler Biyoloji ve Genetik, Biyoloji ve diğer ilişkili disiplinlerin lisansüstü öğrencileri, genç araştırmacıları ve uzmanlarına yöneliktir (Genç Araştırmacı: 35 yaş altı, en az lisans derecesine sahip, Üniversite ya da Ar-Ge Kuruluşlarında çalışan kişiler; Uzman: 35 yaş altı, en az yüksek lisans derecesine sahip, Üniversite ya da Kamu Kurumlarının Ar-Ge birimlerinde uzman statüsünde çalışan kişiler).  Kursiyerlerin belirlenmesinde başvuru sırası ve çalışma konuları dikkate alınacak olup kursa en az lisans mezunları kabul edilecektir. Uygulamalar kişisel bilgisayarlar üzerinden bireysel olarak yapılacağı için katılımcıların dizüstü bilgisayarlarını beraberlerinde getirmeleri gerekmektedir. Katılımcı sayısı 30 kişi ile sınırlı tutulacaktır. Katılımcılara eğitim sertifikası verilecektir.

KAPSAM

Bu kurs kapsamında; temel genetik konularla giriş yapılacak olup DNA Dizileme Teknolojileri ve Çalışma Prensipleri, Genom Veri Bankaları, Bitki Patolojisinde Filogenetik, Biyoinformatik ve DNA Analizleri, DNA Analizleri, NGS'nin Bitki Patolojisinde Kullanımı, Biyoinformatiğin Gücü: CRISPR-Cas9 Teknolojisi ve Fitopatolojide Kullanımı, NGS İçin Kullanılan Farklı Nükleik Asit Tipleri, NGS İçin Örnek Hazırlama, Nükleik Asit İzolasyon Yöntemleri ile Kalite ve Miktar Ölçümleri, NGS İçin cDNA Kütüphanelerinin Oluşturulması, Bitki Patolojisinde Kullanılacak NGS Platformunun Seçim Kriterleri, NGS Veri Analiz Programları, Geneious Prime'a Giriş, Ham Veri Dosyasının Kalite Kontrolleri, Adaptörlerin Temizlenmesi ve Veri Dosyasının Çalışmaya Hazır Hale Getirilmesi, DeNovo Assembly Araçları ve DeNovo Assembly Analizi, NGS Verilerinin Referans Genoma Haritalanmasında Kullanılan Araçlar ve Genom Haritalama Analizleri, Tüm Genomun Elde Edilmesine Yönelik Çalışmalar ve Primer Tasarımı, Bilinmeyen Bitki Virüslerinin NGS ile Teşhisi konularında teorik ve uygulamalı eğitimlerin verilmesi planlanmaktadır.