Niğde Ömer Halisdemir Üniversitesi Eğitim Bilimleri Enstitüsü 15.06.2011 tarih ve 2011/2018 sayılı Bakanlar Kurulu Kararı ile 03.07.2011 tarih ve 27983 sayılı Resmi Gazete’de yayınlanarak Türk Yükseköğretim hayatındaki yerini almıştır. Enstitümüz eğitim ve öğretmenlik lisansüstü programlarını tek çatı altında toplamak ve eğitim sistemindeki sorunlara çözüm üretebilecek akademisyen ve öğretmenler yetiştirmek amacıyla kurulmuştur. Eğitim Bilimleri Enstitüsü’nün kurulmasının, Üniversitemizin gelişimine, eğitim alanındaki ulusal ve uluslararası sorunların çözümüne yönelik araştırmaların çoğalmasına ve bunların yayına dönüştürülmesine katkı sağlayacağı düşünülmektedir. Milli Eğitim Bakanlığı ile işbirlikleri ve Yönetici Eğitimi konularında diğer kurum ve kuruluşlarla işbirliği yapmak ve proje uygulama konularında avantaj sağlanarak, üniversitemizin tanıtımı ve gelişimine önemli katkılar sağlanacağına inanılmaktadır.

Enstitümüzde şu anda 5 Anabilim Dalında Tezli Yüksek Lisans programı, 4 Anabilim Dalında ise Tezsiz Yüksek Lisans programı ve 2 Anabilim Dalında Doktora Programı bulunmaktadır. Enstitü Eğitim Fakültesi Dekanlık binası giriş katında hizmet vermektedir.