Üniversitemiz, 11.07.1992 tarih ve 21281 sayılı Resmi Gazete'de yayımlanan 3837 sayılı Kanun'un Ek 22. maddesine göre Niğde Üniversitesi adıyla kuruldu. Aynı Kanunla Üniversitemize bağlı olarak Mühendislik-Mimarlık Fakültesi kurulmuştur. Mühendislik-Mimarlık Fakültesinin adı 30 Haziran 2010 tarihli ve 27627 sayılı Resmî Gazete’de yayınlanan 2010/528 sayılı Bakanlar Kurulu Kararı ile 28.03.1983 tarihli ve 2809 sayılı Kanun’un ek 30’uncu maddesi gereğince Mühendislik Fakültesi olarak değiştirilmiştir. Fakültemizde 1993-1994 Eğitim – Öğretim yılında Jeoloji Mühendisliği ve İnşaat Mühendisliği Bölümlerinde, 1995-1996 Eğitim-Öğretim yılında Elektrik-Elektronik Mühendisliği ve Makine Mühendisliği Bölümlerinde, 2008-2009 Eğitim-Öğretim yılında Maden Mühendisliği Bölümü’nde, 2009-2010 Eğitim-Öğretim yılında Çevre Mühendisliği Bölümü’nde, 2012-2013 Eğitim-Öğretim yılında Mekatronik Mühendisliği Bölümünde, 2013-2014 Eğitim-Öğretim yılında Gıda Mühendisliği Bölümü’nde ve 2015-2016 Eğitim-Öğretim Yılında Harita Mühendisliği Bölümü eğitim-öğretime başlanmıştır. 2009-2010 Eğitim-Öğretim yılında Bilgisayar Mühendisliği Bölümü açılmış olup 2021-2022 Eğitim-Öğretim yılında da öğrenci alarak öğretime başlamıştır.  2023 yılında da Yazılım Mühendisliği Bölümü açılmış olup henüz öğrenci almamakla birlikte bu bölüm için, öğretim elemanı ihtiyacı ve gerekli alt yapı çalışmaları sürdürülmektedir.