BUT6102 / BİTKİ PATOLOJİSİNDE BİYOİNFORMATİK

DERSİN HAFTALIK İÇERİĞİ

 
KONULAR 
KAYNAKLAR 
1Herkesin kullanımına açık gen bankaları, gen bankasında verilere ulaşım ve değerlendirme11
2Kısmi veya tüm baz dizisi ortaya çıkarılan patojenin gen bankası verileri ile karşılaştırılması11
3Gen bankasına (The National Center for Biotechnology Information-NCBI) veri sunma ve kaydetme11
4DNA dizileme ile elde edilen ham DNA verilerinin kontrolü ve sekans birleştirme (Steaden package; Pregap ve Gap4)11
5DNA dizileme ile elde edilen ham DNA verilerinin kontrolü ve sekans birleştirme (Steaden package; Pregap ve Gap4)11
6Çoklu baz dizilerinin karşılaştırılması (Bioedit, Clustal W; MEGA 5)11
7Filogenik ağaçların çizilmesi (Neden filogenetik ağaç oluşturulur?)11
8Filogenik ağaçların çizilmesi (Ağaçların oluşturulmasında kullanılan temel metotlar; PAUP)11
9Filogenik ağaçların çizilmesi (Ağaçların oluşturulmasında kullanılan temel metotlar; MEGA5)11
10Filogenik ağaçların çizilmesi (Neighbour- joining ağaçları, parsimony ağaçları, maximum likelihood DNA ağaçları) 11
11Filogenik ağaçların çizilmesi (bootstrap analizi ve oluşturulan ağaçların sunulması)11
12DNA dizilerinden protein kodlayan aminoasit dizilerinin tahmin edilmesi11
13Amino asit dizilerinin çoklu karşılaştırmaları ve filogenetik analiz11
14Bazı biyolojik sistemlerde yapılan filogenetik çalışmaların değerlendirilmesi11