| 1 | Filogeni nedir? | [4]s.465-468 |
| 2 | Filogenide kullanılan terimler | [6]s.595-617 |
| 3 | Filogeninin sınıflandırma ile ilişkisi | [4]s.476-480 |
| 4 | Moleküler filogeninin kökeni | [6]s.596-599 |
| 5 | Filogenetik ağaçların temel özellikleri | [6]s.599-602 |
| 6 | Filogenetik ağaç oluşturma | [4]s.468-475; [6]s.602-609 |
| 7 | Uzaklık yöntemleri | [5]s.171-195 |
| 8 | Maksimum Parsinomi | [2]s.655; [3]s.544-547; [5]s.277-286 |
| 9 | Maksimum Likelihood | [5]s.323-328 |
| 10 | Bayesian Yöntemleri | [1]s.28; [5]s.102-103 |
| 11 | Filogenetik ağaçların karşılarştırılması | [5]s.189-198 |
| 12 | Filogenetik ağaç çizim programları | [7] |
| 13 | Moleküler Saat | [1]s.32-34; [3]s.549-551 |
| 14 | Moleküler Filogetenik Uygulamaları | [6]s.609-617 |