| 1 | Moleküler modelleme hakkında genel bilgiler. | [1] sayfa 8-21 |
| 2 | Organik moleküllerin mekanik ve dinamikleri. | [1] sayfa 25-41 |
| 3 | Elektron yoğunluğu, Hartree-Fock modeli. | [1] sayfa 41-59 |
| 4 | Huckel modelleri. | [2] sayfa 67-69 |
| 5 | Moleküllerin örtüşmesi ve temel kuramlar. | [1] sayfa 57-71 |
| 6 | Elektronlar arası ilişkiler. | [1] sayfa 85-96 |
| 7 | Moleküller arası bağ özellikleri ve ilişkileri. | [1] sayfa 97-121 |
| 8 | Paket programların tanıtılması | Ders notları |
| 9 | Modellemesi yapılmış örnekler üzerinde çalışmalar. | Ders notları |
| 10 | Modellemesi yapılmış örnekler üzerinde çalışmalar. | Ders notları |
| 11 | Modellemesi yapılmış örnekler üzerinde çalışmalar. | Ders notları |
| 12 | İlaç tasarlamaları ile ilgili örnekler. | Ders notları |
| 13 | Molekül etkileşimlerine örnekler. | Ders notları |
| 14 | Yeni modeller tasarlanması ile ilgili çalışmalar yapılması | Ders notları |