Merkezin misyonu bilim ve teknoloji alanında araştırma yapmak, yaptığı Ar-Ge sonucunda ortaya çıkan sanayi ürünlerinin ulusal ve uluslararası pazarlarda rekabet gücünü artırmak, ülke ihtiyacı olan nanoteknoloji alanında insan gücünü yetiştirmek, sahip olduğu cihaz donanımını günün her saatinde çalışır vaziyette araştırmacıların ve sanayinin hizmetine sunmaktır.

Nanoteknolojide üniversite-sanayi arasında etkin bir işbirliği oluşturan, ulusal ve uluslararası tanınırlığa sahip, tüm araştırmacı ve sanayi kuruluşlarına açık, örnek bir uygulama ve araştırma merkezi olmaktır.